Eskiçağda bir çok Anadolu şehrinin kurucu (ktistes) tanrısı veya kahramanının olduğu bilinmektedir. Bu mitolojik kuruluş Amasya için de geçerlidir. Roma İmparatoru Septimius Severus (M.S. 193-211) dönemine ait bir Amasya sikkesi üzerinde yer alan ERMHC KTICAC THN POLIN yazıtından hareketle Hermes’in Amasya kentinin kurucu tanrısı olduğu kabul edilmektedir. Bu kısa açıklamadan sonra Amasya adının tarihçesine gelecek olursak; Hitit belgelerine göre Amasya’nın bilinen ilk adının Hakmiş [Khakm(p)is] olduğu sanılmaktadır. Bu isimin Perslerin Amasya’yı fethine kadar devam ettiği değerlendirilmektedir. Amasya’nın Mitridates Krallığı Dönemi'ndeki adı “Amasseia” dır. Özellikle M. Ö. II. yüzyıldan itibaren darp edilen Amasya şehir sikkelerinde AMASSEİA ibaresi açıkça görülmektedir. Zaten coğrafyacı Strabon’da Amasya için Amaseia sözcüğünü kullanmaktadır. Amaseia sözcüğü, “Ana” anlamına gelen ve özellikle “Ana Tanrıça” yı kasteden ‘Ama’ ve onun çeşitlemesi olan ‘Mâ’ ibaresi ile bağlantılıdır. Bundan hareketle denilebilir ki Amaseia “Ana Tanrıça Mâ’nın şehri” anlamına gelmektedir. Ana Tanrıça Mâ, Perslerin Anadolu’yu fethinden sonra tapımı yaygınlaşan doğu kökenli bir tanrıçadır. Aynı zamanda bu tanrıça Mitridates ve Kapadokya’nın yerel tanrıçasıdır. Amaseia sözcüğü de Persler zamanındaki asıl söyleniş şeklinin Hellen ağzına uydurulmuş biçimidir. Roma döneminde Amaseia adı fazla bir değişikliğe uğramadan AMACIAC (Amasia) olarak kullanılmıştır. Örneğin, İmparator Septımıus Severus, Caracalla ve Severus Alexander döneminde darp edilmiş Amasya şehir sikkelerinde AMACIAC adını görmekteyiz. Bizans Devri'nde de Amasia adının değişmeden devam ettiği bilinmektedir. Amasya’nın adı Danişmendliler zamanında ise bazen Amasiyye, bazen de Şehr-i Haraşna olarak anılmıştır. Selçuklu, İlhanlı, Beylikler ve Osmanlı İmparatorluğu döneminde de Amasya adı herhangi bir değişikliğe uğramadan günümüze kadar gelmiştir.Kalkolitik Çağ
Amasya sınırları içerisinde Kalkolitik Çağ'a ait önemli bazı yerleşmeler arasında Amasya merkez Ovasaray Köyü Hamam Tepesi Höyüğü, Sarımeşe KKünbet Höyük, Keşlik Köyü Koşapınar Höyük ve Ayvalıpınar Köyü Ayvalıpınar Höyüğü ile Suluova ilçesi Kanatpınar Köyü Devret Höyük ve Deveci Köyü Yoğurtçu Baba Höyükleri sayılabilir.Tunç Çağı
İlk Tunç Çağı'nda da (3000-2500) Amasya’da yoğun bir yerleşmenin olduğu bilinmektedir. Bu dönem höyüklerine Amasya merkez Yassı Höyük (Oluz Höyük), Gümüşhacıköy ilçesi Sallar Höyük, Merzifon ilçesi Hayrettin Köyü Delicik Tepe Höyüğü, Göynücek ilçesi Gediksaray Höyük, Alakadı Köyü Türkmenlik Tepe Höyüğü ve Merzifon ilçesi Kayadüzü Höyük örnek verilebilir.
Amasya, Orta Tunç Çağı'nda (M.Ö. 2500-2000) Mezopotamya yazılı belgelerinde “Hatti Ülkesi” olarak bilinen uygarlığın sınırları içerisinde kalmıştır. M.Ö. 2500-2000 tarihleri arasında Anadolu’da güçlü bir uygarlık kurmuş olan Hattiler'e ait önemli yerleşmelerden biri de Amasya Merkez İlçeye bağlı Mahmatlar Höyüğü'dür.
Mahmatlar Höyük, 1949 yılında defineciler tarafından kaçak kazılar sonucu tahrip edilmiştir. Burada bulunan eserler daha sonra resmi makamlarca ele geçirilmiş olup altın, gümüş ve bronzdan oluşan bu eserler Hatti Uygarlığı'nın önemli eserlerindendir. Tunç Çağ / Hitit Dönemi
Hatti egemenliğine Hititler tarafından son verilmesi üzerine Amasya, Hititlerin egemenlik sahasında kalmıştır. Kendilerini Nesice konuşanlar anlamına gelen Nesili sözcüğü ile adlandıran Hititler Anadolu’da büyük bir siyasi birlik kurmuşlardır. Amasya şehri de bu dönemde Hititlerin sınırları içerisinde kalmıştır. Hititlerin Amasya’daki önemli yerleşim yerlerinden biri Amasya merkez Doğantepe (Zara) Beldesi'dir. Bu beldede bulunmuş olan ve M.Ö. 1400-1200 yılları arasına tarihlendirilen Hitit Fırtına Tanrısı Teşup’a ait olan bronz heykel günümüze intikal etmiş önemli Hitit eserlerindendir. Hititler, içinde bulundukları kuraklık ve kıtlığın etkisiyle yaşadıkları bunalımlı bir dönemde, bir görüşe göre Karadeniz dağlarında yaşayan Kaşgaların diğer bir görüşe göre ise, içinde Friglerin de bulunduğu ve Balkanlardan Anadolu’ya gelen bazı kavimlerin akınları sonucunda M. Ö. 1190 tarihi civarında egemenliğini yitirmişlerdir. Bu yıllarda meydana gelen yıkım, talan ve katliamlar sonucunda Amasya’nın da içinde bulunduğu orta Anadolu’da Karanlık Çağ olarak adlandırılan ve 400 yıldan fazla devam eden bu dönem hakkında elde fazla bilgi bulunmamaktadır. Demir Çağı / Frigler Dönemi
Amasya sınırları içerisinde Kalkolitik Çağ'a ait önemli bazı yerleşmeler arasında Amasya merkez Ovasaray Köyü Hamam Tepesi Höyüğü, Sarımeşe KKünbet Höyük, Keşlik Köyü Koşapınar Höyük ve Ayvalıpınar Köyü Ayvalıpınar Höyüğü ile Suluova ilçesi Kanatpınar Köyü Devret Höyük ve Deveci Köyü Yoğurtçu Baba Höyükleri sayılabilir.Tunç Çağı
İlk Tunç Çağı'nda da (3000-2500) Amasya’da yoğun bir yerleşmenin olduğu bilinmektedir. Bu dönem höyüklerine Amasya merkez Yassı Höyük (Oluz Höyük), Gümüşhacıköy ilçesi Sallar Höyük, Merzifon ilçesi Hayrettin Köyü Delicik Tepe Höyüğü, Göynücek ilçesi Gediksaray Höyük, Alakadı Köyü Türkmenlik Tepe Höyüğü ve Merzifon ilçesi Kayadüzü Höyük örnek verilebilir.
Amasya, Orta Tunç Çağı'nda (M.Ö. 2500-2000) Mezopotamya yazılı belgelerinde “Hatti Ülkesi” olarak bilinen uygarlığın sınırları içerisinde kalmıştır. M.Ö. 2500-2000 tarihleri arasında Anadolu’da güçlü bir uygarlık kurmuş olan Hattiler'e ait önemli yerleşmelerden biri de Amasya Merkez İlçeye bağlı Mahmatlar Höyüğü'dür.
Mahmatlar Höyük, 1949 yılında defineciler tarafından kaçak kazılar sonucu tahrip edilmiştir. Burada bulunan eserler daha sonra resmi makamlarca ele geçirilmiş olup altın, gümüş ve bronzdan oluşan bu eserler Hatti Uygarlığı'nın önemli eserlerindendir. Tunç Çağ / Hitit Dönemi
Hatti egemenliğine Hititler tarafından son verilmesi üzerine Amasya, Hititlerin egemenlik sahasında kalmıştır. Kendilerini Nesice konuşanlar anlamına gelen Nesili sözcüğü ile adlandıran Hititler Anadolu’da büyük bir siyasi birlik kurmuşlardır. Amasya şehri de bu dönemde Hititlerin sınırları içerisinde kalmıştır. Hititlerin Amasya’daki önemli yerleşim yerlerinden biri Amasya merkez Doğantepe (Zara) Beldesi'dir. Bu beldede bulunmuş olan ve M.Ö. 1400-1200 yılları arasına tarihlendirilen Hitit Fırtına Tanrısı Teşup’a ait olan bronz heykel günümüze intikal etmiş önemli Hitit eserlerindendir. Hititler, içinde bulundukları kuraklık ve kıtlığın etkisiyle yaşadıkları bunalımlı bir dönemde, bir görüşe göre Karadeniz dağlarında yaşayan Kaşgaların diğer bir görüşe göre ise, içinde Friglerin de bulunduğu ve Balkanlardan Anadolu’ya gelen bazı kavimlerin akınları sonucunda M. Ö. 1190 tarihi civarında egemenliğini yitirmişlerdir. Bu yıllarda meydana gelen yıkım, talan ve katliamlar sonucunda Amasya’nın da içinde bulunduğu orta Anadolu’da Karanlık Çağ olarak adlandırılan ve 400 yıldan fazla devam eden bu dönem hakkında elde fazla bilgi bulunmamaktadır. Demir Çağı / Frigler Dönemi